Việc sắp xếp lại đơn vị hành chính cấp tỉnh, cùng với mô hình chính quyền địa phương hai cấp, đã tạo ra những thay đổi lớn trong tổ chức bộ máy ngành nông nghiệp, đặc biệt là lĩnh vực trồng trọt và bảo vệ thực vật (BVTV). Những thay đổi này không dừng lại ở việc thu gọn bộ máy quản lý, đồng thời kéo theo sự xáo trộn trong cơ chế phối hợp, chia sẻ thông tin, triển khai kỹ thuật và giám sát chuyên ngành.