Vùng nghiên cứu là lưu vực sông (LVS) Lô Chảy có diện tích 8.887 km2, trong đó, sông Chảy là 4.527 km2 và sông Lô trên địa bàn tỉnh Hà Giang là 4.360 km2. Khu vực nghiên cứu có khí hậu nhiệt đới và á nhiệt đới, mùa đông khô, lạnh, mùa hè nóng, mưa nhiều. 84% lượng mưa năm tập trung vào mùa mưa, từ tháng IV đến X. Mùa khô từ tháng XI đến tháng III năm sau với 16% lượng mưa cả năm. Mạng lưới thủy văn gồm có 25 sông có chiều dài lớn hơn 20 km, gồm: Chảy, Nậm Phàng, Bắc Cuông, Ngòi Biệc, Suối Đỏ, suối Ngầm, Ngòi Thâu, suối Lẩu, suối Đại Cại, Ngòi Duẫn, Lô, Miện, Con, suối Bạc, Ngòi Kim, Ngòi Sảo, Nậm Am, suối Thanh Thủy, Nậm Má, suối Vạt, Nậm Dầu, suối Pác Xum, Ngòi Thản, Ngòi Giang, và suối Tràng Thâm.