Bên cạnh nhiều thành quả đạt được, các mô hình phát triển kinh tế khu vực nông thôn vẫn chưa thực sự bền vững; chất lượng môi trường nông thôn đang đứng trước thách thức chịu áp lực rất lớn từ phát triển kinh tế và xã hội, thực sự cần được cảnh báo để có những giải pháp phòng ngừa, ngăn chặn ngay từ các giai đoạn quy hoạch và phát triển hạ tầng. Bên cạnh đó, do quá trình lịch sử và văn hóa, nên hoạt động sản xuất ở các vùng nông thôn vẫn mang tính chất nhỏ lẻ, công nghệ lạc hậu, hiệu quả sử dụng nguyên/nhiên liệu thấp, mặt bằng sản xuất hạn chế cùng với nhận thức của người dân về bảo vệ môi trường chưa thực sự được phát huy. Các yếu tố này đã tạo sức ép lên môi trường và là nguyên nhân trực tiếp gây ô nhiễm môi trường ở một số vùng nông thôn.