Thanh Hóa có Cảng biển Nghi Sơn với quy mô hoạt động lớn, tuy nhiên tại đây cũng như trên địa bàn tỉnh chưa có quy hoạch các khu vực nhận chìm vật chất nạo vét gây khó khăn cho việc quản lý, kiểm soát, giảm thiểu những tác động ô nhiễm do quá trình nạo vét, đổ thải đến môi trường và các hệ sinh thái.