Thực hiện đề án tái cơ cấu giai đoạn 2014 - 2015 định hướng đến 2020, ngày 23/4/2014, Bộ TN&MT đã có Quyết định số 715/QĐ-BTNMT chuyển quyền đại diện chủ sở hữu nhà nước tại Công ty từ Tổng Công ty Tài nguyên và Môi trường Việt Nam về Bộ. Theo đó, Công ty TNHH MTV Tài nguyên và Môi trường miền Nam là DNNN độc lập trực thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường. Tính đến cuối tháng 6/2022, tổng số lao động của Công ty là: 656 người, trong đó hợp đồng không xác định thời hạn là: 437 người, hợp đồng xác định thời hạn là 219 người. Về trình độ: Trên đại học: 30 người; đại học: 222 người, cao đẳng: 34 người, trung cấp: 226 người; công nhân kỹ thuật: 144 người.