Cộng đồng doanh nghiệp kiến nghị Thủ tướng "gỡ vướng" trong lĩnh vực nông, lâm, thuỷ sản

Sau hơn 3 tháng áp dụng Luật Thuế giá trị gia tăng và các văn bản hướng dẫn thi hành, Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) đã tiếp nhận nhiều phản ánh từ các hiệp hội ngành hàng chủ lực về những vướng mắc lớn đang phát sinh trên thực tế trong lĩnh vực nông, lâm, thuỷ sản, ảnh hưởng nghiêm trọng đến dòng tiền, năng lực cạnh tranh, khả năng duy trì chuỗi cung ứng và thị phần xuất khẩu của nông sản Việt Nam.

Nguy cơ giảm sức cạnh tranh của nông sản Việt

Thời gian qua, cộng đồng doanh nghiệp Việt Nam, đặc biệt là các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực nông, lâm, thủy sản – những ngành hàng có vai trò then chốt trong nền kinh tế quốc dân, đã tích cực triển khai thực hiện Luật Thuế giá trị gia tăng và các văn bản hướng dẫn thi hành. Tuy nhiên, sau hơn 3 tháng thực thi, VCCI cho biết đã tiếp nhận rất nhiều phản ánh từ các hiệp hội ngành hàng chủ lực về những vướng mắc lớn đang phát sinh trên thực tế, ảnh hưởng nghiêm trọng đến dòng tiền, năng lực cạnh tranh, khả năng duy trì chuỗi cung ứng và thị phần xuất khẩu của nông sản Việt Nam.

Theo quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng, các sản phẩm “chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường” bị áp thuế suất 5%. Tuy nhiên, trên thực tế, các sản phẩm nông nghiệp như cà phê, tiêu, điều, tôm, cá, gỗ nguyên liệu… chủ yếu chỉ trải qua các công đoạn sơ chế như bóc vỏ, phơi, xát, sấy... không làm phát sinh giá trị gia tăng thực chất. 

Việc áp thuế giá trị gia tăng 5% cho nhóm hàng hóa nêu trên là chưa phù hợp với bản chất của thuế giá trị gia tăng vốn chỉ đánh vào phần giá trị tăng thêm trong quá trình sản xuất – kinh doanh. Đặc biệt, cơ chế “thu trước – hoàn sau” đang khiến các doanh nghiệp phải ứng trước một lượng vốn rất lớn cho nghĩa vụ thuế, trong khi lợi nhuận biên ở các ngành hàng này rất thấp (chỉ từ 1–3%). 

Ví dụ, ngành cà phê phải tạm nộp gần 10.000 tỷ đồng thuế giá trị gia tăng mỗi năm, trong khi ngành hồ tiêu phải ứng trước tới 85 triệu USD, gây áp lực tài chính nghiêm trọng lên doanh nghiệp. Đại diện cộng đồng doanh nghiệp lo ngại điều này làm tăng giá thành xuất khẩu, khiến hàng Việt Nam mất lợi thế cạnh tranh so với các quốc gia như Brazil, Indonesia, Ấn Độ nơi hàng nông sản thô được miễn hoặc áp thuế 0%.

Hoàn thuế bị kéo dài nhiều tháng

Bên cạnh đó, Luật Thuế giá trị gia tăng quy định thức ăn chăn nuôi là đối tượng không chịu thuế. Tuy nhiên, nhiều cơ quan thuế địa phương vẫn áp thuế 5% đối với nguyên liệu thức ăn chăn nuôi như ngô, cám gạo, bã bia, bột cá... khi bán ở khâu thương mại. Đại diện cộng đồng doanh nghiệp cho rằng cách hiểu này chưa đồng bộ với Luật Chăn nuôi và Thông tư 21/2019/TT-BNNPTNT, làm tăng chi phí sản xuất thức ăn chăn nuôi trong nước, tạo bất lợi cạnh tranh so với hàng nhập khẩu (không chịu thuế giá trị gia tăng) và làm giảm tiêu thụ nguyên liệu nông sản nội địa.

Nhiều doanh nghiệp cũng phản ánh việc hoàn thuế bị kéo dài nhiều tháng, thậm chí bị từ chối vì lý do nằm ngoài khả năng kiểm soát của họ. Đặc biệt, quy định mới tại Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 yêu cầu bên bán phải “kê khai và nộp thuế” thì doanh nghiệp mới được hoàn thuế. Đại diện cộng đồng doanh nghiệp cho rằng quy định này là bất hợp lý vì chuyển giao trách nhiệm của bên bán sang bên mua – người đã hoàn thành đầy đủ nghĩa vụ thuế. Trách nhiệm xác minh, kiểm tra thuộc về cơ quan thuế, không thể bắt doanh nghiệp phải gánh rủi ro về việc vi phạm nghĩa vụ thuế của bên bán.

Ngoài ra, quy định khống chế mức hoàn thuế không vượt quá 10% doanh thu xuất khẩu trong kỳ là không phù hợp với đặc thù mùa vụ của ngành nông nghiệp. Điều này khiến phần lớn thuế đầu vào không được hoàn đủ, ảnh hưởng đến tính thanh khoản và khả năng thu mua nguyên liệu từ nông dân.

Hiện nay, phần lớn nguyên liệu đầu vào trong ngành nông nghiệp đến từ hộ nông dân nhỏ lẻ – những người không có chức năng phát hành hóa đơn VAT. Điều này gây khó khăn cho doanh nghiệp trong việc chứng minh nguồn gốc hợp lệ để được khấu trừ hoặc hoàn thuế. Thêm vào đó, yêu cầu truy xuất nguồn gốc đến từng hộ dân là không khả thi, đặc biệt trong các ngành có chuỗi cung ứng phân tán như gỗ, thủy sản, lâm sản.

Cùng với đó, các doanh nghiệp xuất khẩu qua sàn thương mại điện tử như Amazon, Alibaba… hiện gặp khó khăn trong hoàn thuế do thiếu hợp đồng và chứng từ theo mẫu truyền thống. Việc chưa cho phép sử dụng dữ liệu số, hóa đơn điện tử hoặc chứng từ thay thế khiến nhiều doanh nghiệp không thể hoàn thuế dù hàng hóa đã xuất khẩu hợp pháp. Ngoài ra, mức xử phạt hành chính hiện nay (từ 5-8 triệu đồng) áp dụng ngay cả với sai sót nhỏ, mang tính kỹ thuật, gây áp lực không đáng có đối với doanh nghiệp nhỏ và hộ kinh doanh mới chuyển đổi mô hình...

Cộng đồng doanh nghiệp kiến nghị các giải pháp tháo gỡ

Trước những bất cập trên, VCCI đã tổng hợp và gửi đến Thủ tướng Chính phủ 6 nhóm kiến nghị cụ thể. Theo đó, VCCI kiến nghị cần rà soát, sửa đổi các quy định liên quan đến phạm vi chịu thuế giá trị gia tăng đối với các sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa qua chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường. Đồng thời đề xuất xem xét khôi phục (hoặc khôi phục có thời hạn) quy định “không phải kê khai, tính thuế” đối với các sản phẩm nông nghiệp sơ chế như đã từng được áp dụng tại Nghị định 209/2013/NĐ-CP. 

VCCI cũng kiến nghị Chính phủ giao Bộ Nông nghiệp Môi trường chủ trì phối hợp với các Bộ, ngành liên quan ban hành danh mục cụ thể các loại “sản phẩm sơ chế thông thường” cho từng ngành hàng.

Cùng với đó cần có giải pháp đồng bộ nhằm cải cách mạnh mẽ thủ tục hoàn thuế giá trị gia tăng, hướng tới đơn giản hóa quy trình, tăng cường tính minh bạch và giảm thiểu rủi ro cho doanh nghiệp. Cần điều chỉnh quy định liên quan đến điều kiện hoàn thuế theo hướng loại bỏ yêu cầu doanh nghiệp chỉ được hoàn thuế khi nhà cung cấp đã kê khai, nộp thuế.

Cần sớm ban hành các hướng dẫn pháp lý đặc thù nhằm tháo gỡ vướng mắc trong giao dịch giữa doanh nghiệp và hộ nông dân. Theo đó, cho phép doanh nghiệp sử dụng bảng kê mua hàng không hóa đơn như một loại chứng từ thay thế để làm căn cứ khấu trừ và hoàn thuế. Cần có hướng dẫn rõ ràng về các trường hợp miễn thuế giá trị gia tăng đối với hộ nông dân nhỏ lẻ, đảm bảo không tạo ra các rào cản hành chính gây khó khăn cho quá trình thu mua nguyên liệu trong nước.

Trong bối cảnh kinh tế số và thương mại điện tử phát triển, đặc biệt là xu hướng xuất khẩu hàng hóa qua các nền tảng trực tuyến, đại diện cộng đồng doanh nghiệp cho rằng cần sớm xây dựng cơ chế pháp lý phù hợp để hỗ trợ doanh nghiệp thực hiện thủ tục hoàn thuế. VCCI kiến nghị Chính phủ chỉ đạo Bộ Tài chính nghiên cứu và ban hành quy định cho phép sử dụng chứng từ điện tử, dữ liệu giao dịch số làm căn cứ xác minh trong hoàn thuế xuất khẩu nhằm đảm bảo phù hợp với thực tiễn và giúp Việt Nam bắt kịp xu hướng thương mại toàn cầu, nâng cao năng lực cạnh tranh cho hàng hóa xuất khẩu.

Đồng thời rà soát lại toàn bộ hệ thống xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế theo hướng phân loại mức độ vi phạm và áp dụng hình thức xử lý hợp lý, nhân văn, đặc biệt với doanh nghiệp nhỏ và siêu nhỏ, hộ kinh doanh mới chuyển đổi.