Trên địa bàn tỉnh Thanh Hóa có 2 vườn quốc gia (VQG), 3 khu bảo tồn thiên nhiên (BTTN), 2 khu bảo tồn loài, 4 khu di tích lịch sử - văn hóa, với tổng diện tích trên 82.123,44ha. Trong đó, phần lớn diện tích thuộc VQG Bến En và 3 khu BTTN Pù Hu, Pù Luông, Xuân Liên đại diện cho các hệ sinh thái rừng đặc trưng trên núi đá vôi, núi đất. Hiện nay, ở các khu bảo tồn, VQG trên địa bàn tỉnh có rất nhiều loài động, thực vật nguy cấp, quý hiếm có trong Sách đỏ Việt Nam và thế giới, được đánh giá là tỉnh có giá trị đa dạng sinh học (ĐDSH) cao ở khu vực Bắc Trung bộ.