Vườn Quốc gia Bến En có tổng diện tích tự nhiên 14.305,09 ha, trong đó đất có rừng là 11.200,08 ha (rừng tự nhiên là 10.847,65 ha, diện tích còn lại là rừng trồng). Cùng với chủ động bảo vệ, phục hồi và phát triển tài nguyên rừng, góp phần đưa Vườn Quốc gia Bến En trở thành điểm sáng về bảo tồn đa dạng sinh học tại Thanh Hóa nói riêng, cả nước nói chung, những năm vừa qua, Vườn Quốc gia Bến En đã chú trọng bảo tồn và phát triển loài lim xanh bản địa (cây lâm nghiệp đặc trưng, bản địa của tỉnh Thanh Hóa). Nơi đây là một trong những trung tâm phân bố tự nhiên của loài lim xanh. Đây là loài nguy cấp, quý hiếm, hạn chế khai thác, sử dụng. Không chỉ có vậy, nấm lim xanh còn có giá trị rất cao trong y tế, chăm sóc sức khỏe con người.