Việc khai thác, sử dụng nước của nguồn nước, lưu vực sông vì lợi ích kinh tế của các ngành, các địa phương và các quốc gia có liên quan, nếu không được hoạch định hợp lý với phương thức tiếp cận phát triển bền vững, với các giải pháp công bằng, hài hòa lợi ích các bên, có thể gây ra các tác động có hại cho con người và môi trường, đồng thời, gây ra các mâu thuẫn, tranh chấp hoặc xung đột, có khi vượt ra khỏi khuôn khổ về nước,... Bài viết dưới đây đề cập tới các vấn đề gặp phải trong khai thác sử dụng tài nguyên nước, xả thải vào nguồn nước tại các địa phương, một số lưu vực sông, cả trong nước và quốc tế.